Cuộc xâm lược của Nhật Bản và sự chiếm đóng sau đó trong Thế chiến II đã chấm dứt sự cai trị của Hà Lan[10][11] và khuyến khích phong trào độc lập bị đàn áp trước đây của Indonesia. Vào tháng 5 năm 1940, đầu Thế chiến II, Hà Lan bị Đức Quốc xã chiếm đóng. Đông Ấn Hà Lan tuyên bố tình trạng bao vây và vào tháng 7 đã chuyển hướng xuất khẩu sang Nhật Bản sang Mỹ và Anh. Các cuộc đàm phán với người Nhật nhằm đảm bảo nguồn cung cấp nhiên liệu hàng không đã sụp đổ vào tháng 6 năm 1941 và người Nhật bắt đầu cuộc chinh phạt Đông Nam Á vào tháng 12 năm đó.[12] Cùng tháng đó, các phe phái từ Sumatra đã tìm kiếm sự hỗ trợ của Nhật Bản cho một cuộc nổi dậy chống lại chính phủ thời chiến của Hà Lan. Các lực lượng cuối cùng của Hà Lan đã bị Nhật Bản đánh bại vào tháng 3 năm 1942.

Vào tháng 7 năm 1942, Sukarno đã chấp nhận lời đề nghị của Nhật Bản để tập hợp công chúng ủng hộ nỗ lực chiến tranh của Nhật Bản. Sukarno và Mohammad Hatta được Hoàng đế Nhật Bản trang trí vào năm 1943. Tuy nhiên, kinh nghiệm về sự chiếm đóng của người Nhật ở Đông Ấn Hà Lan rất khác nhau, tùy thuộc vào nơi sống và vị trí xã hội của một người. Nhiều người sống trong các khu vực được coi là quan trọng đối với nỗ lực chiến tranh đã trải qua sự tra tấn, nô lệ tình dục, bắt giữ và hành quyết tùy tiện và các tội ác chiến tranh khác. Hàng ngàn người bị đưa đi khỏi Indonesia khi những người lao động chiến tranh (romusha) phải chịu đựng hoặc chết vì bị đối xử tàn tệ và chết đói. Người Hà Lan và hỗn hợp Hà Lan-Indonesia dòng dõi là mục tiêu đặc biệt của sự chiếm đóng của Nhật Bản.

Tháng 3/1945, người Nhật đã thành lập Ủy ban điều tra về công tác chuẩn bị cho độc lập (BPUPK) là giai đoạn ban đầu của việc thiết lập nền độc lập cho khu vực dưới sự kiểm soát của Quân đội 16 Nhật Bản.[13] Trong cuộc họp đầu tiên vào tháng 5, Soepomo đã nói về hội nhập quốc gia và chống lại chủ nghĩa cá nhân cá nhân, trong khi Muhammad Yamin đề nghị quốc gia mới nên yêu sách British Borneo, British Malaya, Timor Bồ Đào Nha và tất cả các lãnh thổ trước chiến tranh của Đông Hà Lan Ấn Độ. Ủy ban đã soạn thảo Hiến pháp năm 1945, vẫn còn hiệu lực, mặc dù hiện đã được sửa đổi nhiều. Vào ngày 9 tháng 8 năm 1945 Sukarno, Hatta và Radjiman Wediodiningrat đã bay đến gặp Nguyên soái Hisaichi Terauchi tại Việt Nam. Họ được thông báo rằng Nhật Bản có ý định tuyên bố độc lập Indonesia vào ngày 24 tháng 8. Tuy nhiên, sau khi Nhật Bản đầu hàng, Sukarno đã đơn phương tuyên bố độc lập Indonesia vào ngày 17 tháng 8. Một báo cáo sau đó của Liên Hợp Quốc tuyên bố rằng bốn triệu người đã chết ở Indonesia do sự chiếm đóng của Nhật Bản.[14]

Cách mạng Dân tộc Indonesia

Dưới áp lực của các nhóm pemuda cấp tiến và chính trị hóa (thanh niên), Sukarno và Hatta tuyên bố độc lập Indonesia vào ngày 17 tháng 8 năm 1945, hai ngày sau khi Hoàng đế Nhật Bản đầu hàng ở Thái Bình Dương. Ngày hôm sau, Ủy ban Quốc gia Trung ương Indonesia (KNIP) tuyên bố Chủ tịch Sukarno và Phó Chủ tịch Hatta.[15][16][17][18][19] Lời loan báo lây lan bằng sóng ngắn và tờ quảng cáo trong khi quân đội Indonesia thời chiến (PETA), thanh niên, và những người khác tập trung tại hỗ trợ của các nước cộng hòa mới, thường chuyển sang tiếp quản các văn phòng chính phủ từ Nhật Bản. Vào tháng 12 năm 1946, Liên Hợp Quốc đã thừa nhận[20] [rằng Hà Lan đã khuyên Liên Hợp Quốc rằng "Đông Ấn Hà Lan" là một lãnh thổ không tự trị (thuộc địa) mà Hà Lan có nghĩa vụ pháp lý để báo cáo hàng năm và hỗ trợ "một biện pháp tự trị đầy đủ" như được yêu cầu bởi '' Hiến chương Liên Hợp Quốc điều 73 ''.

Người Hà Lan, ban đầu được người Anh hậu thuẫn, đã cố gắng thiết lập lại sự cai trị của họ,[21] và một cuộc đấu tranh vũ trang và ngoại giao cay đắng kết thúc vào tháng 12 năm 1949, khi đối mặt với áp lực quốc tế, Hà Lan chính thức công nhận nền độc lập của Indonesia.[22][23] Những nỗ lực của Hà Lan để thiết lập lại quyền kiểm soát hoàn toàn đã gặp phải sự kháng cự. Vào cuối Thế chiến II, một khoảng trống quyền lực đã nảy sinh và những người theo chủ nghĩa dân tộc thường thành công trong việc chiếm giữ vũ khí của người Nhật bị mất tinh thần. Một thời kỳ bất ổn với chiến tranh du kích thành phố được gọi là Bersiap thời gian xảy ra sau đó Các nhóm người theo chủ nghĩa dân tộc Indonesia được trang bị vũ khí ngẫu hứng (như giáo tre) và súng đã tấn công trả lại quân đội Đồng minh. 3.500 người châu Âu đã thiệt mạng và 20.000 người mất tích, nghĩa là có nhiều người châu Âu chết ở Indonesia sau chiến tranh hơn là trong chiến tranh. Sau khi trở về Java, các lực lượng Hà Lan đã nhanh chóng chiếm lại thủ đô thuộc địa Batavia (nay là Jakarta), vì vậy thành phố Yogyakarta ở trung tâm Java trở thành thủ đô của lực lượng quốc gia. Các cuộc đàm phán với những người theo chủ nghĩa dân tộc đã dẫn đến hai thỏa thuận đình chiến lớn, nhưng tranh chấp về việc thực thi của họ, và nhiều sự khiêu khích lẫn nhau, khiến mỗi lần phải đổi mới xung đột. Trong vòng bốn năm, người Hà Lan đã chiếm lại gần như toàn bộ Indonesia, nhưng sự kháng cự của du kích vẫn tồn tại, được chỉ huy trên Java bởi chỉ huy Abdul Haris Nasution. Vào ngày 27 tháng 12 năm 1949, sau bốn năm chiến tranh lẻ tẻ và sự chỉ trích dữ dội của Hà Lan bởi Liên Hợp Quốc, Hà Lan đã chính thức công nhận chủ quyền của Indonesia theo cấu trúc liên bang của Hoa Kỳ Indonesia (RUSI). Vào ngày 17 tháng 8 năm 1950, đúng năm năm sau khi tuyên bố độc lập, cuối cùng các quốc gia liên bang đã bị giải thể và Sukarno tuyên bố là một nước Cộng hòa thống nhất duy nhất của Indonesia.[24]